Introducción

La enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19 por su sigla en inglés), causada por coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo grave (Severe Acute Respiratory Syndrome [SARS]-CoV-2), se ha propagado en el mundo, con más de 11 millones de casos confirmados y alrededor de 500 000 fallecidos. Desde marzo de 2020, la Organización Mundial de la Salud declaró el estado de pandemia y la emergencia sanitaria global.

Los síntomas clínicos de COVID-19 incluyen manifestaciones leves o moderadas similares a las de la gripe; algunos enfermos evolucionan a neumonía grave con necesidad de tratamiento con oxígeno. En otros pacientes, COVID-19 progresa a insuficiencia respiratoria, síndrome de distrés respiratorio agudo y falla multiorgánica.

Las infecciones virales respiratorias (por ejemplo las ocasionadas por virus de la influenza A y B, virus respiratorio sincicial, rinovirus y coronavirus humanos) pueden aumentar el riesgo de infección bacteriana o micótica secundaria, asociada con índices altos de mortalidad. A diferencia de lo que ocurre con otros betacoronavirus (SARS-CoV-1 y MERS-CoV), SARS-CoV-2 se ha vinculado con riesgo aumentado de infecciones secundarias por bacterias u hongos. Estudios previos mostraron que las infecciones bacterianas o fúngicas concomitantes, en pacientes con COVID-19, agravan la evolución clínica, especialmente en los pacientes muy graves.

En un estudio reciente se demostró que la microbiota pulmonar de los pacientes fallecidos por COVID-19 muestra colonización compleja por especies oportunistas de bacterias y hongos. Sin embargo, estos aspectos aún no han sido definidos con precisión. El objetivo del presente estudio fue investigar la composición bacteriana del tracto respiratorio inferior de pacientes con infección por SARS-CoV-2, y analizar las posibles asociaciones entre las infecciones oportunistas con patógenos gramnegativos y su presencia en el microbioma pulmonar.

Métodos

Se realizó secuenciación de ARNr 16S en lavado broncoalveolar de 24 pacientes con COVID-19 muy grave, entre abril y mayo de 2020, y 24 pacientes con otras formas de neumonía, no asociadas con COVID-19.

Resultados

La mediana de edad de los pacientes con COVID-19 fue de 68 años (59 a 62), mientras que la de los controles fue de 64 años (50 a 71). Entre los sujetos con infección por SARS-CoV-2, el 29% y 71% eran mujeres y hombres, respectivamente, mientras que en los controles, los porcentajes de varones y mujeres fueron de 58% y 42% en ese orden.

Todos los pacientes con COVID-19 estaban internados en unidad de cuidados intensivos, con asistencia ventilatoria mecánica y en tratamiento con hidroxicloroquina. Además, 10 pacientes (42%) recibían corticoides, 14 (59%) estaban medicados con antivirales, 18 (75%) estaban en tratamiento con inmunomoduladores (75%) y 16 (67%) recibían antibióticos, en combinación con hidroxicloroquina.

Los pacientes sin COVID-19 presentaron hallazgos radiológicos compatibles con neumonía intersticial (37%; n: 9), infiltrados multifocales (33%, n: 8) u otras anormalidades (29%, n: 7). En comparación con la cohorte sin COVID-19, los pacientes con COVID-19 tuvieron internación más prolongada (37 días, en comparación con 19 días, p < 0.001) e índices más altos de mortalidad intrahospitalaria (33%, en comparación con 4%, p < 0.001).

El microbioma pulmonar de los pacientes con COVID-19 en estado crítico se caracterizó por una diversidad bacteriana diferente (prueba de PERMANOVA para las distancias ponderadas y no ponderadas de UniFrac Pr [> F] = 0.001), en comparación con los pacientes con neumonía de otras etiologías. Pseudomonas alcaligenes, Clostridium hiranonis, Acinetobacter  schindleri, especies de Sphingobacterium, especies de Acinetobacter y Enterobacteriaceae fueron los microorganismos que predominaron en el microbioma pulmonar de los pacientes con neumonía por COVID-19 (puntaje en el análisis discriminante lineal [LDA]  > 2), mientras que en los pacientes con neumonía no asociada con COVID-19 se comprobó preponderancia de bacterias pulmonares comensales, como Haemophilus influenzae, Veillonella dispar, especies de Granulicatella, especies de Porphyromonas, y especies de Streptococcus). Durante la pandemia de COVID-19 se constató un aumento significativo de los índices de infección por Acinetobacter baumannii resistente a carbapenémicos.

Conclusión

Los resultados del presente estudio sugieren que la infección por SARS-CoV-2, y la presión asociada con los antibióticos podrían aumentar el riesgo de sobreinfección bacteriana como consecuencia de patógenos oportunistas resistentes a múltiples drogas, en pacientes en estado crítico.