Introducción

Los primeros casos de enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19), causada por coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo grave (Severe Acute Respiratory Syndrome [SARS]-CoV-2) se identificaron en diciembre de 2019 en la ciudad de Wuhan, China. La epidemia se propagó a todo el mundo y ocasionó, hasta 25 de octubre de 2020, alrededor de 42 millones de casos y más de 1 millón de muertes.

El diagnóstico rápido y preciso de infección por SARS-CoV-2 con pruebas in vitro sólo es posible cuando se obtienen las muestras apropiadas en el momento correcto. Se sugirió que el lavado broncoalveolar y el esputo son las muestras respiratorias más útiles para la detección de SARS-CoV-2. Las cargas virales de SARS-CoV-2 fueron más altas en hisopados nasales en comparación con los hisopados de fauces en pacientes con COVID-19 sintomática.

Según los United States Centers for Disease Control and Prevention (CDC), las mejores muestras para la detección del virus incluyen los hisopados nasofaríngeos,  los hisopados orofaríngeos, los hisopados nasales y la saliva. En Corea se recomienda la toma simultánea de hisopados nasofaríngeos y orofaríngeos, los cuales deben ser colocados en medio de transporte universal para aumentar la sensibilidad de la prueba en reacción en cadena de la polimerasa con transcripción reversa (RT-PCR).

Las pruebas in vitro para la detección de SARS-CoV-2 no se utilizan para la identificación de otros patógenos respiratorios, cuando se realiza el rastreo de sujetos con diagnóstico presuntivo de COVID-19. Sin embargo, recientemente se sugirió que dichas infecciones no deberían ser omitidas en el proceso diagnóstico; de hecho, el rastreo simultáneo de SARS-CoV-2 y de otros patógenos respiratorios sería el mejor abordaje para optimizar el tratamiento en el contexto de la pandemia de COVID-19.

Entre los patógenos respiratorios, Mycobacterium tuberculosis, otros virus y bacterias son  los microorganismos detectados con mayor frecuencia en simultáneo con SARS-CoV-2. Las infecciones bacterianas, sin embargo, serían las más frecuentes en los pacientes con COVID-19 y coinfecciones, tal como se refirió con anterioridad en la pandemia por virus de la influenza.

Los virus que se detectaron con frecuencia incluyeron virus respiratorio sincicial, virus de influenza, rinovirus y enterovirus, virus parainfluenza, metaneumovirus, y otros coronavirus. Las bacterias referidas incluyeron Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila, Chlamydia pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Haemophilus influenzae, y Streptococcus pneumoniae.

El objetivo del presente estudio fue analizar la prevalencia de coinfección por SARS-CoV-2 y otros microorganismos, como virus y bacterias que causan neumonía atípica (bacterias atípicas) por medio de ensayos comerciales de RT-PCR en muestras del tracto respiratorio superior e inferior (esputo) en pacientes con COVID-19 confirmada.

Pacientes y métodos

De manera retrospectiva se analizaron muestras de pacientes con diagnóstico presuntivo de COVID-19 analizadas en la Seegene Medical Foundation, un laboratorio clínico de referencia, entre 9 y 23 de febrero de 2020. Se obtuvo información acerca de la edad, el sexo, el tipo de muestra y la fecha de recolección, los síntomas respiratorios, y el antecedente de viajes, según las recomendaciones de los Korea Disease Control and Prevention Agency (KDCA). Todas las muestras de secreciones respiratorias fueron colocadas en medio de transporte universal para aumentar la sensibilidad.

Las diferencias estadísticamente significativas en los índices de detección de patógenos respiratorios se analizaron con prueba de chi cuadrado o de Fisher. La edad y los valores promedio de ciclo umbral se analizaron con pruebas de la U de Mann–Whitney.

Resultados

Se analizaron las muestras obtenidas en 342 pacientes reclutados después de la confirmación diagnóstica de infección por SARS-CoV-2; en los hisopados nasofaríngeos, los hisopados orogaríngeos y las muestras de esputo volvió a realizarse RT-PCR para confirmar la infección por SARS-CoV-2 y para detectar otros patógenos respiratorios.

En el 96.5% de los pacientes (n: 330) se confirmó infección por SARS-CoV-2 en hisopados de vías aéreas superiores; entre los 342 pacientes con COVID-19, 27 (7.9%) y 3 (0.9%) presentaron infección simultánea por otros virus respiratorios y por Mycoplasma pneumoniae, respectivamente, de modo que el índice global de reinfección por patógenos respiratorios fue de 8.8% (n: 30).

En los pacientes con coinfección por otros virus respiratorios (n: 27), el 92.6% (n: 25) sólo presentó infección por otro virus respiratorio, en tanto que en dos enfermos (7.4%) se comprobó infección por dos virus respiratorios (metaneumovirus/adenovirus y rinovirus/bocavirus). Ningún paciente presentó coinfección por tres virus respiratorios.

Los virus respiratorios que se detectaron en los pacientes con COVID-19 fueron rinovirus (n = 7, 2.1%), virus respiratorio sincicial A y B (n = 6, 1.8%), otros coronavirus (229E, NL63, y OC43, n = 5, 1.5%), metaneumovirus (n = 4, 1.2%), virus de influenza A (n = 3, 0.9%), adenovirus (n = 3, 0.9%), y bocavirus (n = 1, 0.3%).

Conclusión

Los resultados del presente estudio indican que las muestras del tracto respiratorio inferior son adecuadas para la detección de otros patógenos respiratorios, en pacientes con infección por SARS-CoV-2. En pacientes con COVID-19, el índice de coinfecciones por otros virus fue de 8.8% en pacientes con COVID-19.