Introducción

Hasta el 3 de abril de 2020, el coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo grave (SARS-CoV-2, por sus siglas en inglés) habría causado 972 303 casos de enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19) y 50 322 muertes en todo el mundo. Los primeros informes de China sugirieron que la coinfección con otros patógenos respiratorios sería rara. De ser así, los pacientes positivos para otros patógenos probablemente no tendrían SARS-CoV-2. Los Centers for Disease Control and Prevention respaldaron las pruebas para otros patógenos respiratorios, lo que sugiere que los signos de otra infección podrían ayudar a la evaluación de pacientes con presunto COVID-19 en ausencia de pruebas rápidas ampliamente disponibles para el SARS-CoV-2.

El objetivo del presente estudio fue informar sobre las tasas de coinfección entre el SARS-CoV-2 y otros patógenos respiratorios en el norte de California.

Métodos

Del 3 al 25 de marzo de 2020, se realizaron pruebas de reacción en cadena de polimerasa con transcriptasa en tiempo real para el SARS-CoV-2 y otros patógenos respiratorios en hisopados nasofaríngeos de pacientes sintomáticos. En el laboratorio se analizaron muestras de múltiples sitios en el norte de California. En diversos sitios, las muestras se analizaron de manera simultánea para detectar un panel de patógenos respiratorios que no incluía al SARS-CoV-2 (influenza A/B, virus sincitial respiratorio, Coronaviridae no-SARS-CoV-2, adenovirus, parainfluenza 1-4, metapneumovirus humano, rinovirus/enterovirus, Chlamydia pneumoniae , Mycoplasma pneumoniae). Únicamente se incluyeron muestras de sitios que realizaron pruebas para este panel además de SARS-CoV-2. Se calcularon las proporciones de muestras positivas para SARS-CoV-2 y para cada patógeno no SARS-CoV-2, estratificadas por el estado de infección por SARS-CoV-2. Las diferencias en las proporciones fueron evaluadas. Se calculó el promedio de edad de los pacientes para todos los subgrupos y los promedios fueron comparados. Los análisis estadísticos se realizaron con la versión 3.6.0 de R.

El presente estudio se realizó como una evaluación de calidad de una nueva prueba de diagnóstico, y fue considerado exento de la protección de los participantes humanos por la junta de revisión institucional de la Stanford University.

Resultados

Se estudiaron 1217 muestras analizadas para SARS-CoV-2 y otros patógenos respiratorios, de 1206 pacientes únicos; 116 de las 1217 muestras (9.5%) fueron positivas para SARS-CoV-2 y 318 (26.1%) fueron positivas para uno o más patógenos no-SARS-CoV-2. .

De las 116 muestras positivas para SARS-CoV-2, 24 (20.7%) fueron positivas para uno o más patógenos adicionales, en comparación con 294 de las 1101 muestras (26.7%) negativas para SARS-CoV-2 (diferencia: 6.0%; intervalo de confianza del 95% [IC 95%: –2.3% a 14.3%]). Las coinfecciones más frecuentes fueron por rinovirus/enterovirus (6.9%), virus sincitial respiratorio (5.2%) y Coronaviridae no-SARS-CoV-2 (4.3%). Ninguna de las diferencias en las tasas de patógenos no-SARS-CoV-2 entre las muestras positivas y negativas para el SARS-CoV-2 fue estadísticamente significativa (p < 0.05).

De 318 muestras positivas para uno o más patógenos no-SARS-CoV-2, 24 (7.5%) también fueron positivas para el SARS-CoV-2. Entre 899 especímenes negativos para otros patógenos, 92 (10.2%) fueron positivos para el SARS-CoV-2 (diferencia: 2.7%; IC 95%: –1.0% a 6.4%).

Los resultados no cambiaron de manera sustancial al restringir el análisis a una muestra por paciente: de 115 pacientes positivos para el SARS-CoV-2, 23 (20.0%) fueron positivos para otros patógenos, en comparación con 292 de 1091 pacientes (26.8%) negativos para el SARS-CoV-2 (diferencia: 6.8%; IC 95%: –1.5% a 15.0%). De 315 pacientes positivos para otros patógenos, 23 (7.3%) fueron positivos para el SARS-CoV-2, en comparación con 92 de 891 pacientes (10.3%) negativos para otros patógenos (diferencia: 3.0%; IC 95%: -0.7% a 6.7%).

Los pacientes con coinfecciones no difirieron de manera significativa en la edad (media: 46.9 años) de aquellos infectados por SARS-CoV-2 únicamente (media: 51.1 años) (diferencia de 4.2 años; IC 95%: -4.8 a 13.2).

Discusión

Los resultados del presente estudio sugieren tasas más altas de coinfección entre el SARS-CoV-2 y otros patógenos respiratorios que las reportadas previamente, sin diferencias significativas en las tasas de infección por SARS-CoV-2 en pacientes con otros patógenos y sin estos. La presencia de un patógeno que no sea SARS-CoV-2 podría no garantizar que un paciente no tenga SARS-CoV-2.

El presente estudio se limita a una sola región. Dado el tamaño limitado de la muestra, la restricción a las muestras sometidas a pruebas múltiples y la variación espacio-temporal en la epidemiología viral, el presente análisis es limitado en la detección de patrones específicos de coinfección potencialmente predictivos de SARS-CoV-2. No obstante, los resultados obtenidos sugieren que las pruebas de rutina para patógenos respiratorios no-SARS-CoV-2 durante la pandemia de COVID-19 serían poco probable que proporcionen beneficios clínicos a menos que un resultado positivo cambie el manejo de la enfermedad.