Introducción

Al 27 de noviembre de 2021, Sudáfrica tenía casi tres millones de casos acumulativos confirmados por laboratorio de infección por coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo grave (SARS-CoV-2, por sus siglas en inglés). Se estima que la infección previa con SARS-CoV-2 proporciona al menos una reducción del 80% del riesgo de infección. La variante Omicron de este virus se caracteriza por entre 26 y 32 mutaciones en la proteína espiga, muchas de las cuales se encuentran dentro del dominio de unión al receptor. Además, la variante Omicron tiene 3 deleciones y una inserción en la proteína de pico y mutaciones fuera de la proteína de pico. Estas mutaciones podrán hacer que el virus escape de los anticuerpos neutralizantes. Los estudios de laboratorio sugieren que el suero convaleciente tiene un efecto neutralizante reducido sobre las variantes beta y delta en comparación con el virus de tipo salvaje, sin embargo, este hallazgo no se traduce necesariamente en un escape inmunológico a nivel de población. Se están realizando estudios de laboratorio de neutralización para la variante Omicron.

El objetivo del presente análisis fue examinar si el riesgo de reinfección por SARS-CoV-2 ha cambiado a lo largo del tiempo en Sudáfrica, en el contexto de la aparición de las variantes Beta, Delta y omicron.

Métodos

Se realizó un análisis retrospectivo de datos de vigilancia epidemiológica de rutina. Se extrajo la lista de datos de la línea sobre el SARS-CoV-2 con fechas de recepción de muestras entre el 4 de marzo de 2020 y el 27 de noviembre de 2021, recopilados a través del Sistema Nacional de Vigilancia de Condiciones Médicas Notificables de Sudáfrica. Las infecciones primarias y las presuntas infecciones repetidas se identificaron mediante el conjunto de datos combinados. Se incluyeron 2 796 982 individuos infectados por SARS-CoV-2 confirmado por laboratorio que tuvieron un resultado positivo en la prueba al menos 90 días antes del 27 de noviembre de 2021. Se consideró que las personas que tenían pruebas positivas secuenciales separadas por al menos 90 días tenían sospechas de reinfecciones. Las principales medidas de resultado fueron la incidencia de sospechas de reinfecciones a lo largo del tiempo; la comparación de las tasas de reinfección con la expectativa bajo un modelo nulo (enfoque uno); y las estimaciones empíricas de los riesgos de infección y reinfección que varían en el tiempo a lo largo de la epidemia (enfoque dos).

Resultados

Se identificaron 35 670 sospechas de reinfecciones entre 2 796 982 individuos con SARS-CoV-2 confirmado por laboratorio que tuvieron un resultado positivo en la prueba al menos 90 días antes del 27 de noviembre de 2021. El tiempo entre sucesivas pruebas positivas para individuos con sospecha de reinfecciones se distribuyó bimodalmente con picos cercanos a 180 y 360 días. La forma de la distribución estuvo fuertemente influenciada por el momento de las olas epidémicas de Sudáfrica. El primer pico corresponde a individuos inicialmente infectados en la ola uno y reinfectados en la ola dos o inicialmente infectados en la ola dos y reinfectados en la ola tres, mientras que el segundo pico corresponde a los individuos inicialmente infectados en la ola uno y reinfectados en la ola tres.

El número de reinfecciones observadas hasta el final de la tercera ola fue consistente con el modelo nulo de ningún cambio en el riesgo de reinfección (enfoque uno). Aunque se observaron aumentos en el riesgo de infección primaria después de la introducción de las variantes Beta y Delta, no se observó un aumento correspondiente en el riesgo de reinfección (enfoque 2). Contrariamente a lo esperado, el cociente de riesgo estimado para la reinfección frente a la infección primaria fue menor durante las oleadas impulsadas por las variantes Beta y Delta que para la primera oleada (cociente de riesgo relativo para la oleada dos frente a la oleada uno: 0.75, intervalo de confianza del 95% [IC 95%]: 0.59 a 0.97; para la oleada tres frente a la oleada uno: 0.71, IC 95%: 0.56 a 0.92). Por el contrario, la propagación reciente de la variante Omicron se ha asociado con una disminución en el coeficiente de riesgo de infección primaria y un aumento en el coeficiente de riesgo de reinfección. El cociente de riesgo estimado de reinfección frente a infección primaria para el período comprendido entre el uno de noviembre de 2021 y el 27 de noviembre de 2021 frente la oleada uno fue de 2.39 (IC 95%: 1.88 a 3.11). Entre las personas que han tenido más de una reinfección, 47 (14.2%) experimentaron su tercera infección en noviembre de 2021.

Conclusión

Las pruebas a nivel de población sugieren que la variante Omicron del SARS-CoV-2 está asociada con una capacidad sustancial para evadir la inmunidad de una infección previa. En contraste, no hay datos epidemiológicos en toda la población de escape inmunológico asociado con las variantes Beta o Delta del SARS-CoV-2. Los hallazgos del presente análisis tienen importantes implicaciones para la planificación de la salud pública, particularmente en países como Sudáfrica con altas tasas de inmunidad a infecciones previas. Sigue habiendo preguntas urgentes sobre si la variante Omicron también es capaz de evadir la inmunidad inducida por la vacuna y las posibles implicaciones de la inmunidad reducida a la infección en la protección contra enfermedades graves y la muerte.