Introducción

El coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo grave (Severe Acute Respiratory Syndrome [SARS]-CoV-2), el agente causal de la pandemia de coronavirus 2019 (COVID-19 por su sigla en inglés), infecta la nasofaringe y el tracto respiratorio superior, y se transmite por pequeñas gotitas de secreciones respiratorias en aerosoles. La evidencia también sugiere que podría haber transmisión por vía fecal.

Debido a que existe poca inmunidad protectora cruzada, en relación con otros virus, la transmisión de SARS-CoV-2 entre personas es elevada y, de hecho, el contagio sería, incluso, más alto que el de virus asociados con pandemias anteriores.

Sin embargo, la evolución clínica de la infección por SARS-CoV-2 es altamente variable entre los sujetos; los factores responsables de esta heterogeneidad todavía no se conocen.

Estudios previos sugirieron que diferentes factores ambientales, como el tabaquismo, afectan la composición de la microbiota del tracto respiratorio superior. Otros trabajos mostraron una correlación entre la microbiota del tracto respiratorio y la gravedad de diversas enfermedades virales, por ejemplo por virus respiratorio sincicial en los niños, y por virus de la influenza. También se refirió diversidad alfa reducida en la nasofaringe de pacientes con infecciones virales.

En dos investigaciones recientes se intentó definir las diferencias entre la microbiota de la nasofaringe de pacientes con infección por SARS-CoV-2, respecto de controles; los resultados, sin embargo, no fueron homogéneos. En un estudio con secuenciación de amplicones de ARN 16S no se observaron diferencias entre los pacientes con infección por SARS-CoV-2 y los controles; en el otro trabajo, en cambio, se refirieron algunas diferencias entre los sujetos con infección y aquellos no infectados. En el presente estudio se aplicó secuenciación de amplicones de ARN 16S para identificar posibles diferencias en la microbiota de la nasofaringe, en pacientes con infección por SARS-CoV.

Pacientes y métodos

Se analizó la composición microbiana de la nasofaringe en muestras obtenidas por hisopado en pacientes con diagnóstico presuntivo de infección por SARS-CoV-2. Se analizaron 55 muestras de 33 enfermos y se compararon los resultados longitudinales para 12 de ellos. En 21 de los 33 sujetos se comprobaron resultados positivos para COVID-19  por medio de reacción en cadena de la polimerasa reversa (PCR por su sigla en inglés), al menos en una ocasión.

Resultados

Globalmente se analizaron 29 muestras negativas y 26 muestras positivas para SARS-CoV-2; la mediana de edad de los enfermos fue de 52 años y el 56% eran hombres.

La infección por SARS-CoV-2 no se asoció con efectos importantes sobre la microbiota y no se observaron agrupaciones particulares, en relación con la presencia de COVID-19. La variación interpersonal fue elevada, y explicó el 76% de la variación observada (p = 0.001); en cambio, los resultados para SARS-CoV-2 y el sexo no mostraron efectos significativos, al considerar la totalidad de las muestras o una única muestra por paciente. El análisis de la composición de la microbiota no mostró diferencias entre las muestras positivas y negativas para SARS-CoV-2; tampoco se encontraron diferencias significativas entre los grupos para ninguna de las mediciones de diversidad alfa.

No se detectaron diferencias significativas en la abundancia relativa de las 5 clases más abundantes de microorganismos, ni entre las variantes específicas de la secuencia de amplicones, cuando se utilizaron dos plataformas diferentes.

Conclusión

En el presente estudio, la variabilidad interpersonal fue el factor que explicó con mayor fuerza la variabilidad microbiana (> 75%), de manera independiente del estado de infección por SARS-CoV-2. Al aplicar múltiples métodos analíticos no se observaron efectos significativos de SARS-CoV-2 sobre la comunidad microbiana de nasofaringe. Por lo tanto, a diferencia de otros virus, SARS-CoV-2 no parece ejercer efectos importante sobre la composición de la microbiota de la nasofaringe.