Desde los primeros tiempos de la conquista de México, los historiadores y misioneros católicos mencionan el peyotl como una «raíz diabólica», por sus propiedades embriagantes y alucinógenas. Por estos mismos historiadores y misioneros se sabe que los toltecas, predecesores de los aztecas, usaban esa droga desde hacía mucho tiempo. Fray Bernardino de Sahagún, arribado a México en 1529, lo describe así: «Hay una planta que recuerda la trufa; se llama el peyotl, es de color blanco y se produce en las regiones más septentrionales del país. Los que la comen ven cosas sorprendentes y risueñas. Esta ebriedad dura dos o tres días, y después desaparece. Esta planta es de consumo habitual por los chichimeca; los sostiene y les da coraje para el combate, poniéndolos al abrigo del temor, de la sed y del hambre. El uso de esta droga estaba en manos de los adivinos y de las brujas, y especialmente de los portadores de encantos».

Los misioneros cristianos del tiempo de la Conquista tuvieron grandes dificultades para combatir el uso del peyotl. Así, León y Gama, en 1611, formulaba a los niños que iba a convertir toda una serie de preguntas: «¿Crees en los sueños? ¿Haces círculos y figuras en el agua? ¿Conoces las fórmulas de los adivinos para tener suerte en la caza?¿Bebes la sangre de los otros? ¿Has bebido peyotl o hecho beber a otros, para conocer secretos y saber dónde están las cosas perdidas?».

El padre Ortega, refiriéndose al peyotl, decía que los cora, «al festejar por septiembre la recolección de la cosecha de maíz, la bebían molida, para no decaer...». Y el padre Arlegui, refiriéndose a las costumbres de los indios que gobernaban los franciscanos de Zacatecas, dice: «La raíz que más veneran es una llamada peyote, la cual muelen y beben en todas las enfermedades; y no fuera esto tan malo si no abusaran de sus virtudes, porque para tener conocimiento de lo futuro y saber cómo saldrán las batallas la beben deshecha en agua; y como es tan fuerte, les da una embriaguez con resabios de locura, y a todas las imaginaciones fantásticas que les sobrevienen con la horrenda bebida las cogen como presagios de sus designios, imaginando que la raíz les ha revelado futuros sucesos. Lo peor del caso es que no sólo los bárbaros ejecutan esa diabólica superstición, sino que aun entre los indios domésticos dura este infernal abuso».

El padre Arias menciona que el peyotl era tenido por los cora como creación del genio que designaban con el nombre de ñaycuric, y su ingestión les servía para tener comunicación con él.

Desde entonces hasta nuestros días, el uso del peyotl ha continuado entre los nativos mexicanos, extendiéndose a fines del siglo pasado a los indígenas de los Estados Unidos. En México es usado especialmente entre los indios de las regiones de estepa, los huicholo, los cora y los tarahumaro. El nombre de peyote o pellote es el corriente en México, pero en cada una de las tribus recibe un nombre especial. Así por ejemplo los tepehuanos de Durango lo llaman kamaba; los huicholes de Jalisco, hicouri; los tarahumaro de Chihuahua le añaden la palabra honanamé, que significa «superior». Los cora le dan el nombre de houatari; los comanches, wokowi; los mescaleros, ho; los kiowa de los Estados Unidos, señi, etcétera. Karl Lumholz, en 1894, refería que para ellos el uso del peyotl constituye una de las características más importantes de sus religiones, cuyos mitos, muy poco alterados, reproducen en lo esencial lo descripto hace más de cuatrocientos años por Bernardino de Sahagún.